على الرغم من وجود الكثير من الأدوات لنظام ويندوز والتي تسمح لفحص ملفات النظام والأقراص الصلبة للتأكد من خلوّها من المشاكل، إلا أن المستخدم يمكنه بكل سهولة القيام بهذه العملية من خلال موجّه الأوامر Command Line.
ولفحص ملفات النظام للتأكد من عدم وجود مشاكل فيها يضغط المستخدم على أزرار ويندوز + R في لوحة المفاتيح ومن ثم كتابة CMD، بعدها يتم كتابة sfc /scannow ليبدأ النظام بعملية الفحص مباشرةً، كما يمكن التأكد من سلامة الأقراص الصلبة من خلال كتابة أمر chkdsk.